一、管理機構(gòu)及職責(zé)明確：辦法明確規(guī)定，由科技部、財政部和國家稅務(wù)總局組成高新技術(shù)企業(yè)的認定管理工作領(lǐng)導(dǎo)小組，并執(zhí)行相關(guān)職責(zé)。領(lǐng)導(dǎo)小組下設(shè)辦公室，地點在科技部。并分別明確了領(lǐng)導(dǎo)小組和辦公室的主要職責(zé)。各省、自治區(qū)、直轄市、計劃單列市科技行政管理部門同本級財政、稅務(wù)部門組成本地區(qū)高新技術(shù)企業(yè)認定管理機構(gòu)（以下稱“認定機構(gòu)”），根據(jù)本辦法開展高新技術(shù)企業(yè)的認定管理工作。

       管理機構(gòu)的設(shè)置和職責(zé)的明確進一步加強了對高新技術(shù)企業(yè)相關(guān)工作的管理和監(jiān)督。

       二、認定條件強調(diào)獨立知識產(chǎn)權(quán)

      為了適應(yīng)新形勢的發(fā)展，鼓勵企業(yè)自主創(chuàng)新，與原認定辦法（國家高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)開發(fā)區(qū)高新技術(shù)企業(yè)認定條件和辦法 國科發(fā)火字[2000]324號）（以下稱“原辦法”）相比，新辦法強調(diào)企業(yè)對其主要產(chǎn)品（服務(wù)）的核心技術(shù)擁有自主知識產(chǎn)權(quán)。對于獲得核心技術(shù)知識產(chǎn)權(quán)的方式，辦法規(guī)定，可以通過近三年內(nèi)通過自主研發(fā)、受讓、受贈、并購等方式，或通過5年以上的獨占許可方式。這是認定企業(yè)為高新技術(shù)企業(yè)的硬條件。

       三、《國家重點支持的高新技術(shù)領(lǐng)域》修改為八個

      四、細化了研發(fā)費用的比例并規(guī)定在我國境內(nèi)研發(fā)費用的最低比例

       五、加強了對高新技術(shù)企業(yè)的后續(xù)管理：新辦法規(guī)定，“企業(yè)研究開發(fā)組織管理水平、科技成果轉(zhuǎn)化能力、自主知識產(chǎn)權(quán)數(shù)量、銷售與總資產(chǎn)成長性等指標(biāo)符合《高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作指引》（另行制定）的要求。”
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